De Hoogstraat, een deel van Schielands Hoge Zeedijk, verdeelde Rotterdam in een landstad en een waterstad. In de waterstad werden de eerste havens aangelegd, onder meer de Oude Haven, het Haringvliet en de Leuvehaven.

In de loop van de 19e eeuw werd Rotterdam slechter bereikbaar door het verzanden van de monding van de Brielse Maas. Koning Willem I en Johannes Goldberg zorgden voor een stimulans van industrie en infrastructuur. Het kanaal door Voorne werd aangelegd, maar dit bleek al snel te klein door de steeds toenemende scheepsgrootte. Van 1866 tot 1872 werd daarom de Nieuwe Waterweg gegraven, zodat Rotterdam een rechtstreekse verbinding met de zee kreeg.

Na de opening van de Nieuwe Waterweg werd de ontwikkeling van de havens op het eiland IJsselmonde ter hand genomen. De eerste havens waren nog vrij smal en werden door de Rotterdamsche Handelsvereeniging aangelegd. Het was een ommuurd gebied dat bestond uit de Koningshaven, de Binnenhaven, de Entrepothaven en de Spoorweghaven, met aanliggende terreinen, dat werd doorsneden door de Stieltjesstraat.

De Gemeente Rotterdam nam in 1882, na de aankoop van deze ‘Handelsinrichtingen’, van de Rotterdamsche Handelsvereeniging, zelf de exploitatie ervan ter hand. Ze werden voortaan als Gemeentelijke Handelsinrichtingen geëxploiteerd. Het kenmerk van de Handelsinrichtingen was dat per dag, per week en/of per maand enz. ligplaatsen voor schepen, vierkante meters terrein en/of loodsruimte voor opslag, en per uur elektrische walkranen voor het laden en lossen konden worden gehuurd. Men hoefde dus geen volledig terrein voor een langere periode in zijn geheel in huur af te nemen en zelf het terrein in te richten en loodsen te bouwen. Overigens werden daarnaast door de gemeente ook terreinen en loodsen in hun geheel verhuurd. Deze parallelle exploitatie bleef voortbestaan tot in de jaren 60 de Gemeentelijke Handelsinrichtingen werden opgeheven; de terreinen werden in hun geheel voor langere tijd verhuurd en de loodsen en kranen werden verkocht.

De stormachtige groei van de overslag leidde tot de aanleg van steeds grotere havens: de Rijnhaven, de Maashaven en de Waalhaven. In 1929 werd bij Pernis op het westelijk deel van IJsselmonde begonnen met de aanleg van de Eerste Petroleumhaven op de Vondelingenplaat, met petrochemische industrie, nog steeds een van de pijlers van de Rotterdamse haven.

In 1966 werd in Rotterdam de eerste container gelost. In 1967 werd in het Eemhaven-gebied Europe Container Terminals (ECT) geopend. Dit bedrijf groeide uit tot het grootste container-overslagbedrijf van Europa.

Na de annexatie van Delfshaven in 1886 was ook aan de rechter Maasoever ruimte voor havenontwikkeling. Tussen 1900 en 1930 werd een complex van stukgoedhavens aangelegd tot aan de gemeentegrens van Schiedam. Na 1950 verloor dit gebied aan belang.

In het oostelijk deel werd rond 2006 de woonwijk Lloydkwartier gebouwd. Aan de Schiehaven wordt door Scheepswerf De Delft het gelijknamige Linieschip ‘De Delft’ uit 1783 herbouwd. Met een imposante lengte van 63 meter wordt deze driemaster een van de grootste replica’s ter wereld. De werf is toegankelijk voor bezoek.